為了獲得適合大規模工業(yè)生產(chǎn)所需的優(yōu)良生產(chǎn)菌種，一般首先是從自然界分離篩選具有產(chǎn)生目標產(chǎn)物能力的菌種，但這樣獲得的菌種的生產(chǎn)能力往往較低，生理生化特性不一定能滿(mǎn)足生產(chǎn)要求，還需要進(jìn)行大量的誘變選育，進(jìn)一步提高其生產(chǎn)能力，改善性能；也可以對現有的生產(chǎn)菌種進(jìn)行改造，即經(jīng)誘變育種，選育出符合實(shí)際生產(chǎn)需要的菌株。

自然界中微生物資源異常豐富，土壤、水、空氣、腐敗的動(dòng)植物殘骸，都是微生物的主要集居和生長(cháng)繁衍的場(chǎng)所。其種類(lèi)之多，至今仍然是一個(gè)難于估測的未知數。以其集居環(huán)境（包括特殊和極端環(huán)境）、營(yíng)養類(lèi)型、生存方式、生理類(lèi)型、代謝途徑、合成能力等比較，均居生物界之冠。因此，微生物資源的開(kāi)發(fā)和應用是當今世界矚目的重大課題。

菌種的分離，不僅是把混雜的各類(lèi)微生物有效地分開(kāi)，得到純種，更重要的是依著(zhù)生產(chǎn)實(shí)際的要求，有的放矢、快速、準確地將能產(chǎn)生所需產(chǎn)物，或具有某種生化反應性能的菌種，從大量的微生物中挑選出來(lái)。有時(shí)是設計一種在分離階段便能識別所需菌種的方法，更多的是利用特定的方法分離，獲得所需菌種后，再進(jìn)行識別。為了使獲得的菌種能滿(mǎn)足工業(yè)生產(chǎn)的需要，須考慮各種性能指標。因此，菌種分離和篩選的方法和策略就十分重要。

一般的菌種分離純化和篩選步驟可分為采樣、增殖與分離、發(fā)酵與性能測定等幾個(gè)步驟。