堆肥可以常年進(jìn)行，甚至在寒冷氣候下也不受影響。但根據季節和天氣的變化經(jīng)常需要做一些調整，特別對條垛堆肥來(lái)說(shuō)影響較大。相比之下，靜態(tài)好氧堆肥和倉式堆肥受的影響要小得多。
寒冷天氣下，由于堆體和條垛熱量損失加大會(huì )減慢堆肥進(jìn)程。較低的溫度至少降低了堆肥表面微生物的活動(dòng)能力。在極端情況中，整個(gè)條垛會(huì )被冷凍，堆肥因此暫時(shí)停止活動(dòng)。冬天堆肥時(shí)為減少寒冷影響，可把堆體合并起來(lái)以保存更多的熱量，如果條垛在寒冷天氣中要連續堆制，條垛應該有1.5米高。
    相反在溫暖天氣下，通過(guò)水分蒸發(fā)可以增加條垛/堆體表面的水分損失。條垛堆肥就可以通過(guò)增加翻堆次數能使更多水分蒸發(fā)，這樣可以得到較干燥的堆肥產(chǎn)品。如果條垛/堆體變得太干燥時(shí)，還需要加水。
    降雨有時(shí)會(huì )成為一個(gè)問(wèn)題，特別對露天條垛堆肥影響較大。另外雨水會(huì )使地面變得泥濘，土壤松軟，并在泥坑處積水導致厭氧狀態(tài)，或產(chǎn)生令人討厭的害蟲(chóng)和臭氣。在堆肥場(chǎng)所應有良好的下水道系統。
   堆肥過(guò)程中涉及到的安全風(fēng)險主要來(lái)自于設備方面。如使用粉碎機，鏟車(chē)以及其他機械時(shí)，需要對眼睛和耳朵進(jìn)行保護和安全預防。當使用專(zhuān)門(mén)的條垛翻堆設備時(shí)，需要遵守相關(guān)的規定。一些翻堆機包含可高速旋轉的甩刀，與此接觸的人和動(dòng)物應有很好的保護。當混合甩刀旋轉通過(guò)堆肥條垛時(shí)，他們會(huì )甩出條垛內的物質(zhì)成為危險，在場(chǎng)的設備操作人員必須了解和具備防護措施。
   戶(hù)外堆肥一般不會(huì )有火災風(fēng)險，因為水分合適的堆肥原料不會(huì )輕易的燃燒。盡管如此，如果原料很干以及條垛堆體過(guò)大，就可能發(fā)生自燃，這多發(fā)生在水分含量大約在25-45％之間的時(shí)候。堆體超過(guò)3米高時(shí)，堆體內部產(chǎn)生的熱量會(huì )發(fā)生一些化學(xué)反應，然后會(huì )導致自燃。為防止這些問(wèn)題，應對含水率、溫度以及堆體大小給予充分關(guān)注，包括配備一些供水和滅火裝置。
    堆肥中涉及到另外一類(lèi)安全問(wèn)題是健康問(wèn)題。動(dòng)物糞便、城市污泥等廢棄物原料均含有一些病原菌，還有一些對人類(lèi)有致敏性。常規的簡(jiǎn)單防治方法是讓工人在操作時(shí)佩帶防塵面具，接觸到原料要洗手。個(gè)別有感染或過(guò)敏反應的，就不宜派去從事堆肥操作。
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